水价改革是水利改革的重点领域，周学文对此提出建立促进水资源高效利用的水价体系，一是合理提高水资源费与水价水平，扩大水资源非征收范围，合理提高水利工程供水水价和城市供水水价；按照补偿成本、合理收益的原则，合理确定再生水价格。二是推进科学合理的计价方式，逐步推进水利工程供水两部制水价，推进居民生活用水阶梯式计量水价制度、工农业生产用水超额累进加价制度，缺水城市要实行高额累进加价制度。三是加强水价管理，完善水价制度体系，制定水利工程供水价格政策。改革农业末级渠系供水管理体制，推行终端水价；改革水费计收方式，逐步实行计量收费和水费公示制度。