嘉兴城郊港航处以行政审批事项改革工作为立足点，结合最美行业创建，积极为集装箱运输企业提供政策扶持。一是在内河集装箱码头港区设立管理办公室，方便集装箱船舶办理签证、安检、缴费等相关事项；二是优化审批流程，建立办理许可审批业务快速通道；三是对集装箱班轮运输实施备案管理，由企业自行网上备案，减少办事程序；四是合理安排集装箱船舶生活污水防污染改造工作，最大程度减少对企业正常经营活动的影响。
目前，杭嘉湖三地都已拥有集装箱专用码头及相应的运输企业，发展势头强劲。嘉兴城郊港区已有4家主要从事内河集装箱运输的水运企业投入营运。