根据农业部定义，重点单位为农业转基因生物研发单位、制种基地和加工企业。重点环节为转基因作物实验室研究和试验环节等。
重点区域为发生过转基因水稻、玉米非法扩散的县(市)，水稻、玉米种子制种基地以及相关育种加代繁殖基地等。
相关的科研教学单位和企业将被逐一摸底，对于市场而言，农业部将展开市场监测，对水稻和玉米种植田、生产加工和销售环节等进行抽样监测。重点地区的水稻和玉米农产品的转基因成分也将被抽检。
此外，曾发生过转基因水稻、玉米非法扩散的县(市)，将对水稻和玉米农产品的转基因成分进行抽检，并采用快速检测方法扩大监测范围。
农业部推荐了五种快速检测转基因的试纸条，以期降低成本，扩大监测范围。
根据该方案，农业部对转基因的态度依然以中央“积极研究、慎重推广”的要求为指导，其工作方案中，“防止转基因作物非法扩散”为一项重要任务。